12月23日，在第十二届全国人大常委会第三十一次会议上，受国务院委托，审计署审计长胡泽君报告2016年度中央预算执行和其他财政收支审计查出问题整改情况。报告指出，截至10月底，相关地方通过补缴补征医保费、归还原资金渠道等方式整改问题金额43.25亿元，整改率97%，其中，对骗取套取、违规出借基金的问题，已通过收回资金、制订还款计划、移送公安或主管部门处理等整改3.35亿元；对药价和收费不合理的问题，通过收回资金、完善收费制度等整改11.22亿元；处理处分505人次，制定完善制度618项。
报告指出，审计发现，至2016年6月，有2.65万家用人单位和47个征收机构少缴少征医疗保险费30.06亿元，还有95.09万名职工未参加职工医保；基金管理方面，有923家定点医疗机构、药店及少数个人涉嫌通过伪造诊疗资料、分解住院等骗取、套取基金2.17亿元，有关单位还违规出借基金等1.2亿元；药价和收费也不尽合理，有474家医疗机构超过规定幅度加价销售药品和耗材5.37亿元，还有1330家医疗机构自定项目或重复收费等5.99亿元，加重了医保负担。