一是改革公立医院管理体制。落实公立医院自主权，逐步取消公立医院行政级别，全面推行试点城市公立医院院长聘任制。建立科学的考核评价体系，自治区出台城市公立医院绩效考核管理意见，试点城市制定具体绩效考核指标体系。
二是建立公立医院运行新机制。破除以药补医机制，试点城市所有公立医院取消药品加成，对公立医院的补偿由服务收费、药品加成收入和政府补助三个渠道改为服务收费和政府补助两个渠道。理顺医疗服务价格，按照“总量控制、结构调整、有升有降、逐步到位”的原则，合理有序调整公立医院医疗服务价格。改革价格形成机制，逐步减少按项目定价的医疗服务项目数量，积极探索按病种、按服务单元定价。完善财政补偿机制，改变公立医院财政经常性投入按照编制或床位规模补偿基本支出的方式，强化财政补助与公立医院绩效考核挂钩的引导作用。按照总量控制、结构调整的办法，改变公立医院收入结构，提高业务收入中技术劳务性收入的比重，降低药品和卫生材料收入的比重。
三是强化医保支付和监管作用。建立以按病种、按人头、按床日付费等复合型付费方式，逐步减少按项目付费，支付方式改革要覆盖区域内所有公立医院并逐步覆盖所有医疗服务。全面推进临床路径管理。加强各类医疗保障制度之间的衔接。2015年年底前，全面实施大病保险工作，逐步降低城乡居民住院费用个人实际支付比例。发挥医保监控作用，建立医保对统筹区域内医疗费用增长的控制机制。
四是深化人事薪酬制度改革。改革编制和人事制度，落实公立医院用人自主权。通过薪酬制度改革，着力体现医务人员技术劳务价值，并完善绩效考核制度，激励医务人员提高服务数量和质量，增强群众满意度。
五是完善药品和耗材采购和保障机制。公立医院所有药品（不含蒙药制剂、蒙药中药饮片）必须通过自治区药械集中采购平台统一采购，试点城市以市为单位制定试点城市自行采购管理的相关政策。加强药品和耗材监管，采取多种形式推进医药分开。
六是构建各级医疗机构协同发展的服务体系。2015年年底前，试点城市制定出台“十三五”区域卫生规划、人才队伍建设规划和医疗机构设置规划，不再新增公立医院床位设置规模。推进社会力量参与公立医院改革，研究完善与社会资本联合举办医疗机构相关政策，开展医师多点执业。强化人才队伍建设，全面推进住院医师规范化培训，建立专科医师规范化培训制度，推动医学成果转化。
七是稳步建立分级诊疗制度。2015年年底前，试点城市公立医院要全部启动分级诊疗试点工作，促进急慢分治格局的形成。完善分级诊疗医保报销政策，实施不同级别医疗机构的差别起付线和住院费用报销比例政策。
八是加快推进医疗卫生信息化建设。构建完善的区域人口健康信息平台，逐步实现与居民健康相关信息的业务协同、信息共享，推动建立综合监管、科学决策、精细服务的新模式。全面实施“健康医疗信息惠民行动计划”,方便群众看病就医。
九是提升医院服务管理水平。强化公立医院精细化管理，加强医院财务会计管理，三级医院全面推行全成本核算，建立总会计师制度。试点城市全面实施进一步改善医疗服务行动计划。强化医德医风建设，全面落实医疗卫生行业建设九不准。健全多方监管机制，强化卫生计生（含蒙医中医管理）部门医疗服务监管职能，推动公立医院依法治理，加强医院信息公开，强化社会监督。